運用例を３パターン掲げます。
１．日々の労働時間を変動させる
２．労働日数と休日数で総労働時間を調整する
３．前記１と２の組み合わせ
１．日々の労働時間の長さを変動させる
「２週間」の変形労働時間制を採用したものと仮定します。
業務量は１週目が少なく、２週目の週末に集中するケース。
１週目の労働時間を減らし、２週目の労働時間を長く設定しました。
本来の労働時間
変形労働時間制を導入後
このように、業務の繁閑に合わせてある日の労働時間を短くし、他の日の労働時間を長く設定することが可能です。
また、労働時間の調整は、同一週内だけではなく、上図のように変形期間内の異なる週の労働時間を調整することもできます。
上の例では、2週目の木曜日と金曜日の労働時間は8時間を超えていますが、変形労働時間制の導入により、各日とも9時間までは割増賃金（2割5分以上）が発生しません。
２．労働日数と休日数で総労働時間を調整する
前記１のように労働時間の長短による調整ではなく、特定の日を休みとし、従来は所定休日であった日に出勤させることも可能です。
これにより、業務が集中する週の稼働日数や労働時間をあらかじめ長く設定することができます。
「労働日と休日との振替（休日の振替）」とも似ていますね。
ところが、割増賃金の発生有無について差異が生じます。
前記２の扱いを
「休日の振替」で実施したとき
→2週目の労働時間が48時間となるため、40時間を超える分（8時間）に対し、割増賃金の支払いが発生します。
変形労働時間制の導入により実施したとき
→2週目の40時間を超える分（8時間）に対する割増賃金の支払いは不要とされます。
事例２を用いた変形労働時間制活用の例【長期休暇を導入する】
変形労働時間制の１つである「１年単位の変形労働時間制」を使い、閑散期に長期休暇（労働時間0時間の日）」を何日か設け、その分を繁忙期に労働させる、といった使い方も可能です。
３．前記１と２の組み合わせ
１週目が比較的落ちついており、２週目に業務が集中する例を取り上げます。
ここでは、１週目の火曜日を休みとして１週間の労働時間を減らし、２週目の火曜日から金曜日までの所定労働時間を10時間としています。
この例では、２週目の火曜日から金曜日に8時間を超過して労働させていますが、各日とも法定労働時間を超える2時間分に対しては、割増賃金（2割5分以上）は発生しません。
３つの例を掲げましたが、各社の業態に応じて他にも様々な設定は可能です。
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